معاونت تربیت بدنی در مدارس، بخشی از ساختار آموزشی و تربیتی مدرسه است که به منظور توجه به جنبه‌های فیزیکی، ورزشی و سلامتی دانش‌آموزان ایجاد می‌شود. هدف اصلی این بخش، ترویج سلامتی، فعالیت‌های ورزشی، و تربیت جسمانی سالم و منظم دانش‌آموزان است.

معاونت آموزشي مجتمع آموزشی قلم به عنوان متولي اولين رسالت دبیرستان های تهران، يعني آموزش، نقش مهم و حياتي در پيشبرد اهداف آموزشی در سطوح ملي و بين‌المللي دارد. اين حوزه با فعاليتي گسترده در سطوح متنوع تحصيلي، خيل عظيمي از دانش آموختگان را در حوزه هاي مختلف آموزشی به جامعه تقديم مي‌كند.

معاونت انظباطی در مدارس، بخشی از ساختار مدیریتی و تربیتی مدرسه است که به منظور حفظ نظم، انضباط و اجرای قوانین و آیین‌نامه‌های مدرسه ایجاد می‌شود. هدف اصلی این بخش، ایجاد محیطی منظم و آرام برای فعالیت‌های آموزشی و تربیتی، کنترل رفتارهای دانش‌آموزان و حفظ انضباط در مدرسه است.

معاونت فرهنگی در مدارس، بخشی از ساختار مدیریتی و آموزشی مدرسه است که به منظور تقویت فرهنگ و ارزش‌های آموزشی و تربیتی در محیط مدرسه ایجاد می‌شود. هدف اصلی این بخش، ترویج فرهنگ‌های مثبت، ارتقاء اخلاق و ارزش‌های اجتماعی، انسانی، ملی و دینی در دانش‌آموزان و کادر آموزشی است.

معاونت پژوهشی و فناوری در مدارس، بخشی از ساختار آموزشی و مدیریتی مدرسه است که به منظور ترویج فعالیت‌های پژوهشی، ارتقاء فناوری و بهره‌گیری از ابزارها و تکنولوژی‌های نوین در فرآیند آموزش و یادگیری ایجاد می‌شود. هدف اصلی این بخش، ایجاد محیطی پویا و نوآورانه برای دانش‌آموزان و کادر آموزشی است که از طریق تحقیق و پژوهش به تحلیل و حل مسائل مرتبط با آموزش و فناوری بپردازند.